Las Normas Técnicas de Control Interno Específicos de FONAVIPO, registran que “En toda entidad pública se establecerán en forma clara y por escrito el detalle de todos los aspectos importantes de las funciones de cada cargo”.  Producto de esta disposición legal, el objetivo fundamental del Manual de Organización y Funciones del Fondo Nacional de Vivienda Popular, FONAVIPO, es ser una herramienta que especifique las competencias de cada una de las Unidades Institucionales, proporcionando eficiencia a la organización en su administración. 

Para tal efecto se definen las misiones y funciones que garanticen el adecuado control de las actividades y distintos procesos involucrados, así como los productos y/o servicios que cada una de las Unidades Organizativas elabora o brinda.

El Manual de Organización y Funciones está diseñado sobre la base de los niveles de mando, de conformidad al organigrama vigente a partir de enero 2012, especificando el nivel directivo y operativo. Describiendo inicialmente las Unidades Organizativas bajo la dirección de Junta Directiva; luego, las que se encuentran bajo la línea jerárquica de la Dirección Ejecutiva, hasta llegar a las Unidades operativas Institucionales